Определение вторичной структуры

Для определения вторичной структуры был выбран низкомолекулярный белок тирозиновая фосфотаза 1DG9.

Рис.1. Белок 1DG9 с раскраской по вторичной структуре

Вторичная структура была определена с помощью DSSP (выдача программы)

Поле в PDB файле с информацией о стуктуре:

Видно, что белок содержит 7 альфа-спиралей (4 длинных и 3 коротких) и 4 бета-листа.

Сравнение элементвов вторичной структуры

• Альфа-спираль 1: в PDB файле границы обозначены как CYS17 - GLN33, а в выдаче DSSP - ARG18 - ASP32, при этом CYS17 обозначен как bend, а GLN33 как hydrogen-bonded turn.
• Альфа-спираль 3: в PDB файле границы обозначены как ASP56 - HIS66, а в выдаче DSSP - PRO57 - ASN65, HIS66 выделен как hydrogen-bonded turn
• Бета-лист 1: в обоих файлах границы определены как TRP39 - ALA45.
• Бета-лист 2: в обоих файлах границы определены как LYS6 - CYS12.

В целом предсказание практически совпадает с аннотацией. Предсказанные границы для альфа-спиралей отличаются от границ в PDB файле на один остаток с обоих сторон. Границы для бета-листов предсказаны точно.